Un soldado que pensaban que había muerto hace tiempo en batalla regresa causando estragos a la humanidad como castigo. Esto debido al hecho de que él estaba construido genéticamente por una compañía corrupta.
Dos años después de que Cloud & Co. salvaran al mundo de Sephiroth, los habitantes del planeta empiezan a sufrir una extraña enfermedad llamada Seikon-Shoukougun. Mientras tanto, Cloud se ha aislado y está siendo buscado por demonios en su pasado.